ويحدث الالتهاب الناجم عن التهاب القولون التقرحي عادة في القسم السفلي من القولون وفي المستقيم، ولكنه يمكن أن يصيب القولون كلَّه أيضاً. إن التهاب القولون التقرحي لا يُصيب الأمعاء الدقيقة عادةً.