يحدث القسمُ الأكبر من القرحات الهضمية نتيجة بكتيريا تسبِّب العدوى. وهي تُدعى باسم المَلويَّة البَّوابية. ومن الممكن أن تنتقل هذه البكتيريا عن طريق المياه أو الأغذية غير النظيفة، أو عن طريق التماس فماً لفم، كما يحدث عند التقبيل مثلاً. لكنَّ كثيراً من الناس الذين لديهم هذه البكتيريا لا يُصابون بالقرحة الهضمية أبداً.