هناك أجزاء كثيرة من الجسم متخصصة في مقاومة الكائنات الحية الدقيقة. وهذه الأجزاء مجتمعة تشكل الجهاز المناعي للجسم. وقد تتمكن الكائنات الدقيقة من تخطي دفاعات الجهاز المناعي وتسبب العدوى والالتهاب.