تعتمدُ أعراضُ الجلطة الدموية على مكان حدوث الجلطة؛ فالناس الذين لا يعانون من شيء ولا يكونون مصابين بالبيلَة الهيموغلوبينية الليليَّة الانتيابِيّة يُصابون أحياناً بجلطة دموية في أوردة الرجل، بينما يميلُ المُصابون بالبيلَة الهيموغلوبينية الليليَّة الانتيابِيّة للإصابة بجلطات دموية في أجزاء أخرى من الجسم، كما في الدماغ أو البطن.