بالنسبة لداء كرون، يشمل الالتهابُ الأمعاء بكافة طبقاتها. أما التهابُ القولون التقرحي فيؤثر في الطبقة الداخلية للأمعاء فقط. وقد يجعل المرضان الشخص عرضةً للإصابة بالسرطان، ولكن التهاب القولون التقرحي هو أكثر خطراً في ذلك من المرض الآخر.