تحوي الأمعاء المئات من البكتريا، ويؤدي الكثير من هذه البكتريا وظائف مفيدة، مثل المساعدة على تنشيط الجهاز المناعي وإنتاج الفيتامينات. وحين توجد أبواغ بكتيريا المطثية العسيرة في القولون، فإن البكتيريا الأخرى لا تسمح لها بالنمو وبالتكاثر.