يؤدِّي داءُ هنتنغتون إلى تلف عصبونات معينة في الدماغ. يهاجم هذا المرضُ العَصبونات الموجودة في "العُقد القاعدية" بشكلٍ رئيسي. والعُقدُ القاعدية هي مجموعة من العَصبونات الدماغية الموجودة في مكانٍ عميق داخل الدماغ، وهي قريبةٌ من "المِهاد". تتحكَّم هذه العُقد بالانفعالات والحركة والقدرات المعرفية. وتشتمل القدراتُ المعرفية على التعلُّم والتفكير وحلِّ المشكلات.