يحدث القسم الأكبر من الأمراض المنقولة عن طريق الأغذية بسبب بكتيريا ضارة. وهذه البكتيريا قادرةٌ على إحداث عدوى في المعدة والأمعاء. وتشتمل الأسباب الأخرى على انتقال الفيروسات والطفيليات. ومن الممكن أيضاً أن تكونَ الأمراض المنقولة عن طريق الأغذية ناتجة عن بعض المواد الكيميائية.