يتمُّ الخلط أحياناً بين الكلاميديا والسيلان، الذي هو مرض ينتقل عن طريق الممارسة الجنسية أيضاً. يسبِّب السيلان اعراضاً مشابهة للكلاميديا. ويمكن الإصابة بالمرضين معاً في الوقت نفسه. تؤكد الاختبارات المخبرية سببَ الأعراض، وما إذا كان المريض مصاباً بالكلاميديا أو السيلان، أو الاثنين معاً.